Chức năng Quản lý site cho phép quản trị viên quản lý tập trung thông tin các website được triển khai trên cùng một hệ thống MasterCMS. Tại đây, quản trị viên có thể thêm mới site, cập nhật thông tin tên miền, thiết lập thứ tự hiển thị và quản lý trạng thái kích hoạt của từng website.